Как редактировать stl в blender?

Для удаления нижнего слоя используйте Bisect: он режет сетку плоскостью, позволяет убрать одну сторону и заполнить срез. Это удобно для STL, где поверхность состоит из множества треугольников и ручное выделение всех нижних точек даёт неровный край.

Сначала сохраните рабочую копию. В Edit Mode выделите геометрию и выберите Mesh → Bisect. С бокового ракурса проведите линию, примерно соответствующую будущему дну. После этого откройте параметры последней операции. Там Plane Point задаёт точку плоскости, а Plane Normal её направление. Для строго горизонтального среза при обычной ориентации модели нормаль направляют по вертикальной оси, а высоту точки задают числом.

Не вводите 3 мм как координату автоматически: это величина удаляемого слоя, а положение нового дна зависит от координаты прежнего. Сначала определите нижнюю высоту модели и прибавьте нужное расстояние в согласованных единицах. Так вы не срежете деталь на произвольном уровне относительно начала координат.

Включите Clear Inner или Clear Outer, ориентируясь по результату и стрелке направления. Fill должен закрыть образовавшийся срез. Операция удаления стороны способна затронуть геометрию, которая не входила в исходное выделение, поэтому не держите ненужные части внутри той же редактируемой сетки.

Осмотрите плоскость снизу. Сложные разрывы, внутренние оболочки и самопересечения исходника могут мешать корректному заполнению. Не считайте успешное выполнение команды подтверждением готовности к печати: проверьте оболочку и предварительный просмотр слоёв в слайсере. Сохраните изменённый проект отдельно от исходного STL.