Как сделать отверстие в blender?

Нашёл, модификатор был на резаке. После переноса на коробку вырез появился.

Отверстие создаёт Boolean на объекте, который нужно прорезать. Для круглого прохода цилиндр служит резаком и должен пересекать обе стенки заготовки.

До применения Boolean цилиндр нужен для вычисления отверстия. Если удалить его раньше, вычитание исчезнет. У незамкнутой или повреждённой сетки возможны ошибки, которые смена решателя не исправляет.

Для сквозного отверстия добавьте Boolean к коробке, выберите Difference и укажите цилиндр в поле Object. Цилиндр должен пересекать коробку насквозь, а не касаться её поверхности. Переключите отображение цилиндра на Wire и осмотрите вырез. Когда форма готова, примените Boolean на коробке в Object Mode, затем удалите цилиндр. До применения резак удалять нельзя.

А если оставить цилиндр, потом можно будет менять диаметр отверстия?

Выберите именно коробку и добавьте ей модификатор Boolean с операцией Difference. В поле Object назначьте цилиндр, которым хотите прорезать коробку. Порядок простого выделения сам по себе не сообщает модификатору, какую деталь вычитать: связь задаётся в его настройках.

Цилиндр должен проходить через всю нужную толщину. Оставьте его концы снаружи, чтобы они не совпадали с поверхностями коробки. Если требуется глухое углубление, резак, наоборот, должен заканчиваться внутри детали. Для первой проверки удобнее использовать обычный замкнутый куб и цилиндр с закрытыми торцами. На такой паре проще отделить ошибку настройки от проблем сложной модели.

Пока цилиндр показан сплошным, он может закрывать вырез и создавать впечатление, что ничего не произошло. В свойствах его отображения во вьюпорте выберите Wire. Это меняет вид резака, но оставляет его доступным для вычисления. Посмотрите внутрь коробки с другого ракурса. Если результат ломается, попробуйте решатель Exact и проверьте, нет ли дублирующихся граней, самопересечений или открытых краёв там, где ожидается замкнутый объём.

Когда отверстие получилось, перейдите в Object Mode и примените Boolean на коробке. Теперь результат записан в её сетку, цилиндр можно удалить. До этого удаления делать нельзя: живой модификатор использует геометрию резака. Если хотите сохранить возможность менять диаметр, оставьте модификатор неприменённым и управляйте видимостью резака отдельно для вьюпорта и рендера. Простое скрытие клавишей H не означает автоматическое исключение объекта из итогового изображения.