Как выравнивать в gimp?

В панели слоёв выберите значок, затем включите Выравнивание и распределение клавишей Q. В параметрах оставьте целью выбранные слои, а в Relative to укажите Image, чтобы ориентироваться на всё изображение. Для значка с прозрачными полями включите Use extents of layer contents: тогда учитываются границы видимого содержимого, а не весь прямоугольник слоя. В сетке опорных точек выберите центральную. Нажмите кнопки совмещения с горизонтальным и вертикальным центром ориентира. Значок окажется в середине холста. Если результат смещён, проверьте, не выбрано ли несколько слоёв и действительно ли ориентиром служит Image. Большие прозрачные поля объясняют неверное на вид центрирование при выключенном учёте границ содержимого.

С включёнными границами содержимого значок встал по центру.